曹越让郑森进了大都督府，跟随在他身边做事。这样的安排，挺让郑芝龙父子吃惊，也想了无数种可能的原因。但他们都没猜到曹越的真正用意，曹越只不过是因为历史上郑成功的名声缘故，想把郑森培养成一个出众的将领，自己的亲信，一个自己能掌握和信任的人物。

郑森与郑芝龙的关系并不是很好，郑芝龙不喜欢这个长子。而郑森对自己的父亲也成见颇多，有非常的不满。这次郑芝龙起初不愿意接受朝廷的诏令，更让他担忧和害怕，并因此和郑芝龙吵了几架。虽然说郑芝龙最终做出了明智的决定，不与朝廷相抗争，但父子两人的关系并没有明显的改善。

郑森确实是个热血青年，崇尚英雄人物，听闻曹越的事迹后，羡慕和敬佩的不行，这次竟然接到了曹越的私信，称赞了他一番后，让他到南京做事。这让他受宠若惊，期望在见到曹越后，能得到更多的惊喜。还真的有惊喜在见到曹越后降临到他身上，曹越给了他莫大的鼓舞，这让他欣喜若狂。

他心里打定主意，以后一定要追随曹越，立不世战功，成就英名，为大明的繁盛贡献自己的力量。

而曹越在几次与郑森接触后，马上发现这个与他年龄相仿的人，对他非常崇拜，并且非常想得到他的信任和重用。他也就打定主意，一定要发生培养，并通过洗脑的方式，让郑森成为自己的最坚定支持者，以后再给予其重用。

福建水师的改编也马上进行，曹越让兵部侍郎吕大器和自己的亲信爱将曹杰及黄得功一道去福建执行改编的任务，锦衣卫张世泽辅助完成此任务。

随后小皇帝朱慈炯正式下诏，以原水师为基础，正式组建大明近卫军海军部队，成立三大舰队：以原曹越指挥的大明水师为基础成立北海舰队，战区范围包括京津一带外海及长江以北的内陆河湖；以原福建水师为基础。成立东海舰队，战区范围长江以南至福建、湖南、四川一带的外海及河湖，折分福建水师一部及广州一线的水师战船，组成南海舰队。战区范围为广州外海及其余两个舰队防区之外的河湖。

曹明任北海舰队提督，一个新近被曹越发现的人物，原本在郑芝龙手下任职的将领施琅被任命为曹明的副手；黄得功调任东海舰队提督，郑芝龙之弟郑芝风为副提督；福建巡抚张肯堂被调任为南海舰队提督，负责组建及训练舰队事务。黄道周任其副职。

曹越的大明水师规模还很小，战船都是木质，除了曹明所领的舰队配备了大量的新式火炮，战斗力较强外，其他两支舰队战斗力都很弱。曹越准备花上二十年时间，把三大舰队打造成世界上规模最大，战斗力最强的海军，并随之开始征服世界。

一切都要慢慢来，蒸汽技术要研制出来，铁甲舰队也要制作出来。更新式的火炮及其他武器都要研制出来。这样大明的海军实力，才能得到极大的提高，才有征服世界的资本和实力。

大明皇家军事学院也在曹越的亲自操持下，很快就在燕子矶大营附近创办起来。曹越亲自担任院长，并亲自参加教学。学院开设的课程也是曹越亲自选定，授课老师从高级将领及士林中选取，课业包括政治思想、军事指挥、后勤管理、各技术兵种分类等等。